Vallitseva koronakriisi on vaikuttanut komission työskentelyyn merkittävästi, ja resursseja on jouduttu siirtämään pandemian hallintatoimiin. Päivitetyssä vuoden 2020 työohjelmassa aloitteet on priorisoitu ottamalla huomioon aloitteiden lykkääntymisen vaikutukset sekä niiden merkitys pandemian jälkeiselle elvytykselle. Kriisistä selviämisen kannalta tärkeät aloitteet hyväksytään alkuperäisen suunnitellun aikataulun mukaisesti. Näitä ovat mm. kestävän liikkumisen strategia, älykkään integroitumisen strategia, rakennusten kunnostamiseen kannustava strategia, nuorisotakuun vahvistaminen ja valkoinen kirja ulkomaisia tukia koskevasta välineestä.
Pandemian myötä lykkääntyneet aloitteet, kuten uusi osaamisohjelma pyritään hyväksymään mahdollisimman pian. Eurooppalainen ilmastosopimus julkaistaan myös hieman aiottua myöhemmin loppuvuodesta 2020, samoin esimerkiksi ilmastonmuutoksen sopeutumisstrategian ja metsästrategian julkaisut on lykätty vuoden 2021 alkupuolelle.
Komissio on myös pidentänyt tämän vuoden julkisten kuulemisten vastaamisaikaa kuudella viikolla, jotta sidosryhmillä on riittävästi aikaa antaa palautetta valmistelua varten.